Illumina公司开发的HiSeq 2000/2500高通量测序平台，拥有高通量运行和快速运行两种模式，提供多种读长选择，也可使用一个或两个流动槽，使之成为一个灵活且可扩展的平台。高产量模式运行方式，单次运行可以产出600G，特别适合样品量较多，或需要最深度覆盖的应用。快速运行模式最多能在一天之内产生100G左右的数据量，还能提供2×150 bp的读长，有助于改善de novo应用的组装效果。

• HiSeq 2500为多个应用提供了前所未有的灵活性
　　HiSeq 2500系统特有两种运行模式，快速运行模式和高产量运行模式，能够同时处理一个或两个流动槽。这提供了一个灵活可扩展的平台，支持最广泛的测序应用和研究规模。其他任何系统都不能让您如此快速轻松地开展这么多的应用。在快速运行和高产量模式中选择，让可扩展的产量能满足您的项目需求。新的试剂能在高产量模式下产生高达1 Tb的数据，每次运行支持最大量的样品。

• 快速运行模式提供快速的结果
　　快速运行模式提供快速的结果，能够高效处理有限的样品，并支持双端150 bp的读长，这使得覆盖度更深，且de novo应用的组装改善。

• 高产量模式非常适合大型研究
　　高产量模式非常适合大型研究，或需要最深的覆盖度时。高产量模式让您批量处理样品，其样品量是快速模式的6倍，从而快速高效地完成大型项目。新的HiSeq SBS Kits v4在每次运行产生40亿个簇，在6天内生成高达1 Tb的数据。

靶向重测序	从单个定制panel到整个外显子组，从一整套靶向重测序方案中选择，以支持所有研究设计。经济高效且可扩展的探索、验证和筛查如今触手可及。
全转录组测序	从高通量的基因表达谱分析到深度的转录分析，HiSeq提供了前所未有的RNA分析方案。测定单个转录本和亚型的丰度，发现新的基因，并鉴定非编码调控RNA。
表观遗传调控	在HiSeq单次运行中，通过评估多种形式的表观遗传调控，了解更加完整的生物学故事。利用ChIP-Seq研究DNA与蛋白的互作和基因调控。以单碱基分辨率定量DNA甲基化。