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转录组测序与基因表达芯片(Microarray)优劣对比
基因表达芯片优势:基因表达芯片选择多,RNA样品处理简单,步骤少,速度快,数据分析软件丰富。
基因表达芯片劣势:对跨平台的基因表达比对缺乏好的方法
表达转录组测序(RNA-Seq)优势:数据量大,精度高,较基因芯片价格低,性价比高。
转录组测序服务流程

①原始数据去接头(adapter trimming),分选标记序列(demiltiplexing)
  由于测序文库建立过程中需要给目标cDNA和基因组DNA加上可以用于扩增的引物序列,原始数据中往往带有无法被基因组识别的接头序列。因此在大规模序列比对之前,需要将原始数据预处理,包括去掉接头(adapter trimming)以及根据标记序列进行数据的分选。

②测序数据序列比对服务(mapping to genome)
  由于RNA样品的物种来源和样品类型,需要选择合适的基因组进行基因序列比对;最常用的人类基因组包括Ensembl和UCSF组装的Homo sapiens GRCh38基因组。服务器带有超大规模的芯片组,使得序列比对用时大大减少,可以最大限度的提高测序数据分析的服务速度。


③标准化(Raw data normalization)
  对原始数据进行处理,通过特定的统计分析,达到消除背景噪音,过滤脏数据,去除同实验误差,使不同测序数据具有可比性。

④基因表达差异分析
  基因的差异化表达由多种因素共同导致,并且与许多疾病的发生和发展有密切联系,对差异化表达的基因进行生物信息学以及生物统计学的分析对于研究细胞调节机制和疾病机理有着重要意义。


转录组测序数据应用于基因表达差异分析三大优势
• 转录组测序数据量大
• 基因组覆盖率高
• 保留转录剪切信息
样品和数据处理时间
测序: 测序文库构建 1~3天; 测序 3~14天
数据分析:5~30天

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